Grundlage der Arbeit des Staatlichen Edelsteininstitutes ist die große und qualitativ hervorragende Edelsteinsammlung des Naturhistorischen Museums, die noch immer als die bedeutendste Sammlung ihrer Art auf dem europäischen Kontinent angesehen wird. Das in der Edelsteinsammlung zusammengefaßte Material sowie die entsprechenden Mineralarten der Mineraliensammlung können im gegebenen Fall für Vergleichszwecke herangezogen werden. Die Edelsteinsammlung umfaßt derzeit etwa 4.000 Objekte - Rohsteine, geschliffene Steine und zum Teil auch originalen Schmuck bzw. kunstgewerbliche Gegenstände. Neben Naturprodukten sind auch Synthesen und Imitationen in der Sammlung dokumentiert. Spezialführungen durch die Sammlungen und einschlägig ausgerichtete Sonderausstellungen im Naturhistorischen Museum (z.B. Sonderausstellungen „Tauerngold", „Bodenschätze Sibiriens", „Edel- und Schmucksteine in der Tschechoslowakei" und „Zarenschätze") wurden und werden fachrelevanten Institutionen, wie z.B. Landesinnung Wien der Gold- und Silberschmiede, Meisterverein der Wiener Gold- und Silberschmiede und Österreichische Gemmologische Gesellschaft, angeboten.